PCR实验室设计核心问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的污染有：扩增产物的污染、天然基因组DNA的污染、试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
对PCR实验室的严格管理也是有所必要的：
1.严格控制进出实验室的人员。与实验无关的人员不得随意进出实验室，有条件的情况下要设置独立的通道和进出整个实验区大门；
2.尽量减少在实验区内不必要的走动以减少交叉污染的可能性；
3.扩增产物分析区是主要的扩增产物污染来源，废液不能在实验室中倾倒，必须经消毒液浸泡消毒后在远离实验室的地方弃掉，用过的吸头等一次性材料也应经消毒液浸泡消毒后统一处理，如焚烧等；
4.扩增产物分析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意实验人员的安全防护。
5.完备的实验室配套设施完备的实验室配套设施是保证实验工作的必要条件，应根据各个实验室实验内容的不同配备相应的设备和仪器，如超净工作台、离心机、加样器等。
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